Я сделал это в bash для Linux, отсортировав оба файла и затем объединив их. Если вы работаете в Windows, вы можете установить Cygwin для запуска программ для Linux.
Тем не менее, я думаю, что вам лучше всего создать небольшую программу для этого, возможно, вам потребуется меньше времени, чем на обучение использованию Cygwin.
Редактировать: Вы можете рассматривать его как небольшой проект для изучения новой технологии. Я часто использую подобные проекты для изучения таких вещей, как Ruby или Python. Хотя это может быть не принято, если оно на работе.