Это древняя проблема, поэтому решите ее так, как она уже решена.
В CSV-файлах запятая является разделителем, однако записи могут содержать запятые.Как?Окружите записи кавычками.Что если запись содержит кавычки?Удвойте кавычки на вводе пользователем, чтобы вы знали, что это данные, а не разделители.
Field One,Field Two,"Field, Three","Field ""Four"""
PHP имеет функции для создания и чтения формата CSV с определенными пользователем разделителями, поэтому вам даже не нужно писать код.