У меня обычно есть папка lib, которая является частью решения и содержит все сторонние сборки, используемые проектами. Поскольку это часть решения, это версия, контролируемая TFS. Также, когда вы распространяете решение, оно будет содержать все необходимые ссылки, необходимые для его построения, чтобы сделать его независимым.