Я использовал Eclipse, и включение пути к корневому каталогу (nltk или site-packages) не сработало.Однако создание jar-файлов как из каталога nltk, так и из каталога yaml сработало.Например,
jar -cf nltk.jar /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.0/lib/python2.7/site-packages/nltk
jar -cf yaml.jar /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.0/lib/python2.7/site-packages/yaml
Затем в своем коде Jython мне пришлось добавить файлы jar, которые я добавил в lib lib проекта,
sys.path.append("/Users/peter/phd/lib/yaml.jar")
sys.path.append("/Users/peter/phd/lib/nltk.jar")
В дополнение к этому мне пришлось использоватьвозможность импорта файла архива Eclipse, чтобы он мог видеть модули NLTK.
С этим было немного трудно, так что надеюсь, что это сэкономит кому-то еще время.