Ваш код добавляется в обработчик кликов, который отправляет действие обратно на сервер.Вам нужно проверить, возвращает ли ваш результат значение true / false, а затем продолжить выполнение кода, сгенерированного сервером.
<asp:Button ID="btnDelete" runat="server"
onClientClick="if (!confirmDelete()) { return false; }"
onClick="btnDelete_click" />
Это приведет к тому, что HTML-код на стороне клиента будет выглядеть как
<input type="submit" id="btnDelete"
onclick="if (!confirmDelete()) { return false; } __DoPostBack...
, что позволяетСгенерированный сервером код, который должен быть выполнен (т. е. возврат не оценивается, если не получено подтверждение).