Я бы, вероятно, пошел с регистратором Enterprise Library, так как я бы предпочел одну интегрированную библиотеку вместо использования двух отдельных библиотек.
Если бы вы собирались использовать только блок регистрации из EntLib, то я бы, вероятно, выбрал log4net, но в этом случае, когда вы все равно будете использовать EntLib, преимущества log4net над EntLib достаточно незначительны, так как не заставляйте их пока тащить в другую зависимость.