Крупные японские сайты, похоже, несколько разделились по этому вопросу. Например, в японской википедии и amazon.co.jp используется закодированный японский язык. Но английские слизни кажутся самыми распространенными. Для примера рассмотрим http://fujifilm.jp/.
Я думаю, что ваше беспокойство по поводу поисковых систем вполне оправдано, и на вашей позиции этого может быть достаточно, чтобы изменить баланс в пользу использования закодированного японского языка для меня. Это было бы немного болезненно - там много возможностей для ошибки.
Кроме того, как отмечает Майк, то, что делает stackoverflow, в значительной степени правильно, так как URL должен быть закодирован.