Ни то, ни другое не нужно сравнивать. Яблоки, апельсины и все в таком духе:)
OpenTK - это интерфейс C # для OpenGL.
OpenCL.Net - это интерфейс C # для OpenCL.
OpenGL - это OpenGL, созданный для одной цели.
OpenCL - это OpenCL, созданный для другой цели.
OpenTK имеет привязки OpenCL.Net, так что вы действительно можете использовать OpenCL с OpenTK.