В теории да.EJB 2.x по-прежнему является частью текущей спецификации JavaEE, и JBoss6 полностью ее поддерживает.
Однако JBossAS 3.x и 6.x архитектурно сильно отличаются друг от друга.Не думайте, что обновление будет гладким, вполне может возникнуть необходимость перехода на совершенно новый сервер приложений.