Похоже, что ваша проблема вызвана тем, что включенные вами dll не были перенесены в нужное место на сервере, когда вы переносите из своей коробки разработки.Для каждого dll в вашем решении должна быть настройка, подобная 'copy local', для которой нужно установить значение true.Кроме того, вы можете создать папку или набор папок, в которых будут содержаться все ваши пользовательские библиотеки DLL, вручную загрузить их на сервер и перенастроить проект для назначения библиотек DLL из этого файла.
Кроме этого, проверьте ссылки на сборки(в файле .csproj ... вы можете открыть его в блокноте) и убедиться, что они нацелены на фактическое местоположение файла, а не на какую-то случайную папку, всплывающую в окне разработки