Нет опыта работы с вилами, но много с Spring. Вышеупомянутые EJB не были проблемой. POJO были более чем адекватными.
Две другие альтернативы для рассмотрения:
Вы можете использовать OpenEJB с Tomcat, если вам нужны EJB, хотите придерживаться Tomcat и не хотите переключаться на купленный сервер приложений Java EE с открытым исходным кодом.
Вы можете попробовать Spring dm Server с OSGi. Ешь скорлупу и яйцо - иди до конца.