Единственный способ, с помощью которого я вижу такой вариант настройки, - это использовать родительское репо, которое объявит каждое из репо, которое вы хотите отслеживать, как подмодулей .
Возможно, Hudson нужно настроить, чтобы запустить задание перед вашим текущим заданием, чтобы удостовериться, что он правильно выполняет git submodule update, перед тем как его git status (я не проверял эту конфигурацию, поэтому может быть, этот шаг не понадобится).