Если у вас слишком много физических дисков, вы можете использовать аппаратное решение (RAID) для объединения нескольких физических дисков в менее логичные диски. Это решение должно работать в Win98.
Если это сопоставленные диски с серверами Windows, рассмотрите возможность использования точек соединения на сервере для объединения нескольких дисков в одну древовидную структуру.
Или используйте ссылки DFS; Репликация не должна быть включена. Это создаст логическую иерархию на нескольких серверах, и вы можете сопоставить одну букву диска с корнем DFS.