Возможные причины:
1) поэтому пользователь не может выяснить код и «выдать себе больше лицензий» или другой материал, который коммерчески чувствителен для вас
2) чтобы пользователь не мог «просто внести крошечные изменения» и нарушить то, что он не понимает, сказать вам, что он ничего не изменил, и ожидать, что вы это исправите (конечно, вы можете заставить его заплатить , но в первую очередь легче избежать хлопот)
3) поэтому заказчик не может взять часть вашего программного обеспечения и использовать его для разработки новых продуктов
4) Вы смущены тем, что ваш нескомментированный код спагетти виден; -)
5) больше?
Что вы обычно делаете? А как ты это делаешь?