Как мне сделать скрипт для запуска при запуске или добавить исполняемый файл в загрузку ядра Android?
Если вы не делаете свой собственный rom, я думаю, единственное, что вы можете использовать, это создать BroadcastReceiver и прослушать android.intent.action.BOOT_COMPLETED.
android.intent.action.BOOT_COMPLETED