У меня была такая же проблема с несколькими приложениями / базами данных, поэтому я написал этот скрипт, который является ветвью дампданных django, но создает дамп данных порциями, чтобы избежать MemoryError
Скрипт доступен на https://github.com/fastinetserver/django-dumpdata-chunks
Пример использования:
1) Дамп данных во многие файлы:
mkdir some-folder
./manage.py dumpdata_chunks your-app-name
--output-folder=./some-folder --max-records-per-chunk=100000
2) Загрузка данных из папки:
find ./some-folder | egrep -o "([0-9]+_[0-9]+)" | xargs ./manage.py loaddata