Когда вы выделяете массив размером 4, вы выделяете четыре целых числа: i [0], i [1], i [2] и i [3]. Поскольку Java довольно дружественный, он устанавливает все четыре из них в 0. Итак, вы видите на выходе [i[0],i[1],i[2],i[3]]
(в отсортированном порядке). Сортировка не добавляет 0, она уже была там. Если вам нужно только 3 числа, то вам следует выделить int [3], а не int [4]. И затем, чтобы согласиться с этим, когда вы попросите номер 1, сохраните его в i [0]. Самым простым изменением для этого было бы просто изменить верхнюю строку на
int [] x = new int[3];
и более поздняя строка
x[i-1] = scan.nextInt();
Изменение, предложенное другими ответами, является, однако, более распространенным. У большинства программистов было бы, чтобы я пошел от 0 до 2, а затем вывел i + 1, когда общался с пользователем.