Непонятно, что именно вы хотите сделать здесь - если вы действительно хотите получить новую копию проекта, которая содержит только файлы, которые изменены относительно вашей текущей копии, то я не думаю, что TortoiseCVS имеет способ сделать это. В принципе, я думаю, вы могли бы сделать это вручную (например, получить новую копию проекта, сравнить ее с существующей копией, а затем удалить все файлы, которые совпадают), но это, безусловно, было бы утомительно для любого проекта реалистичного размера .
Однако мне интересно, действительно ли вы хотите исправить локальную извлеченную копию файлов с последними изменениями, внесенными в хранилище другими разработчиками? Если это так, используйте команду CVS «update», которая объединит эти изменения с вашими локальными копиями, сохраняя при этом все незафиксированные изменения, которые у вас могут быть. (Помните о любых конфликтах, возникающих в процессе слияния - TortoiseCVS должен предупредить вас во время обновления, но их необходимо разрешить с помощью ручного редактирования.)