если вы скопировали скрытую папку CVS, то новая подпапка подключается к SubFloder.это похоже на программирование - у вас есть 2 указателя на один и тот же объект.
попробуйте снова удалить папку, затем в проводнике файлов попробуйте удалить скрытую папку и попробуйте добавить подпапку и файлы сновасоздаст новую (скрытую) папку CVS.пожалуйста, обратите внимание, что это также вернет все версии файла к 1.1.
надеюсь, что это решит вашу проблему