Когда запускается vim, он открывает окно для файла, затем он открывает другое окно для NerdTree
.
Самый простой способ вернуться в главное окно - это просто перейти к предыдущему окну, например так:
" Start NERDTree
autocmd VimEnter * NERDTree
" Go to previous (last accessed) window.
autocmd VimEnter * wincmd p