Я знаю, что это старый пост, но если кто-то ищет и находит этот пост, может быть, это поможет.
Я использовал:
Section "Aplicacion de administracion"
; Set output path to the installation directory.
SetOutPath "$INSTDIR\WebApp"
; Primary project outputs
File /r /x *.config "Precompiled\WebApp\*.*"
; Config files
SetOverwrite off
File "Precompiled\WebApp\*.config"
SetOverwrite on
StrCpy $1 "SDGCC App Pool"
NsisIIS::CreateVDir "WebApplication" "$INSTDIR\WebApp"
SectionEnd
и все работало нормально.Будьте уверены, чем выход из пула приложений.
Надеюсь, эта помощь.