Самый первый раз, когда silverlight открывает диалоговое окно файла (открытое или сохраненное), оно будет помещено в Мои документы (я думаю, что его действительно сложно проверить, как вы увидите).
После этого Silverlight запоминает последнюю папку, выбранную, когда диалоговое окно было утвердительно закрыто (отмененное диалоговое окно забывает любое изменение папки, которое могло быть сделано).
Насколько я могу судить, последняя использованная папка памяти влияет на все использование Silverlight для этого пользователя независимо от приложения или сайта.
Нет способа указать исходную папку из кода.