Решил!
Сначала скопируйте сообщение с помощью
typ, data = connection1.uid('FETCH', uid, 'RFC822')
connection2.append('Inbox', '', '', data[0][1])
Затем извлеките уникальный идентификатор сообщения из скопированного сообщения, например:
from email.parser import Parser
parser = Parser()
msg = parser.parsestr(data[0][1])
Затем используйте идентификатор сообщения, чтобы найти новое сообщение в почтовом ящике назначения, например,
typ, uid = connection2.uid('SEARCH', None, 'Header', 'Message-Id', msg['message-ID'])