Хорошо, я не думаю, что это легко решаемая проблема, и мой первоначальный вопрос был немного не в порядке. Проблема не столько в нулевых значениях, хотя они и задействованы, сколько в том, как изначально создавалась таблица. Если для создания таблиц, которые вы планируете экспортировать, вы используете файл xsd, то в Access происходит что-то, что приводит к тому, что эти поля обрабатываются немного иначе, чем поля, созданные с помощью редакторов.
Единственное решение, которое я нашел, - это создать новое поле в таблице, переименовать старое поле, скопировать данные из старого поля в новое поле и удалить старое поле.
После этого пустые поля, в которых были данные в одной точке, больше не включаются в вывод XML. Вероятно, это не лучший способ сделать это, и я до сих пор точно не знаю, почему это происходит, но, по крайней мере, я могу обойти эту проблему.