Какие PETSc и MPI для Ubuntu в двухъядерной системе

Question

Я занимаюсь научными вычислениями и занимаюсь разработкой приложения на основе petsc для системы с несколькими процессорами.

В целях отладки я хочу установить это самое программное обеспечение на свой собственный компьютер, который является-core система под управлением Ubuntu (Karmic Koala).

Но я не знаю, какие ресурсы использовать.В сети есть пакеты debian, а также исходные архивы.Я знаю, что при компиляции и компоновке этих пакетов возникают различные проблемы, поэтому я больше всего хочу избежать этой проблемы!

Меня не волнует производительность (по крайней мере, не слишком), так как я буду использовать это программное обеспечениетолько для отладки, поэтому юзабилити наиболее важна для меня.

Может кто-нибудь дать совет?

Answer 1

Используйте нативные (то есть Ubuntu) пакеты, когда они существуют, и у вас нет особых причин делать иначе.

Answer 2

Используйте Open MPI или MPICH2 (получите из менеджера пакетов), я предпочитаю первый.Если вы уверены, что код этого стороннего проекта надежен, то вы можете использовать пакет Ubuntu, но если он интенсивно использует PETSc и вы планируете отлаживать эту библиотеку, то вы должны создать свой собственный PETSc в режиме отладки.(упакованная версия оптимизирована только).

PETSc выполняет большую проверку целостности только в режиме отладки, включая

• Размещение сторожей для обнаружения ошибок памяти клиента.
• Проверка того, что наборы индексов отсортированы или не пересекаются, или перестановка.
• Отслеживание стека, чтобы он мог печатать правильную трассировку стека (file:line function()) при ошибках или сигналах (например, SEGV).
• Регистрация памяти, чтобы она могла напечатать снимок стека выделения для утечки памяти в сводке при выходе из программы (аналогично valgrind, но в 1000 раз быстрее).

Это сэкономит многовремени, если вы отлаживаете код клиента.Создание PETSc в наши дни очень просто, но если у вас есть проблемы, спросите petsc-maint@mcs.anl.gov (нет необходимости подписываться) или список по адресу petsc-users@mcs.anl.gov.

.

Answer 3

Попробуйте CentOS.Он основан на Red Hat Linux и является бесплатным.Мы разрабатываем научный программный пакет и находим среду, удобную для отладки и разработки.