Curently sqlite записывает файл журнала в тот же каталог, где находится файл базы данных.Это создает проблему с разрешением каталога (оно должно быть доступно для записи).Есть ли способ заставить sqlite записывать файлы журнала в другой каталог?
Нет, но вы можете использовать PRAGMA journal_mode = PERSIST.
PRAGMA journal_mode = PERSIST
Установка journal_mode в OFF или MEMORY должна помочь.
http://sqlite.org/pragma.html#pragma_journal_mode