вы можете использовать скрипт с setuid для выполнения фактической команды.
то есть какой-нибудь скрипт bash, подобный этому,
#!/bin/sh
/etc/init.d/openvpn $1
вы должны chmod +s yourscript.sh
и использовать system('yourscript.sh start')
в PHP.
Примечание: Вы должны быть очень осторожны с этим, потому что это может сделать большие дыры в безопасности