Обычная практика - хранить JavaDocs в отдельном архиве.или даже чаще, в каталоге под названием «документы».вам не нужно раздувать архив вашей библиотеки файлами html и js.
И зачем вам включать сгенерированные JavaDocs [html + js] в ваш проект?Пока исходный код комментариев JavaDoc находится на месте, кто-то, использующий вашу библиотеку, сможет увидеть их, просто наведя курсор мыши на любую из современных IDE
Update
Согласно комментарию Нанды ниже, я проверил то же самое, и он прав.В моем проекте я фактически подключил Javadoc из папки 'doc' к архиву, чтобы иметь возможность просматривать их при наведении курсора.