Вы, вероятно, добавили каталоги включаемых расширений прямо в «Настройки проекта> C / C ++> Общие> Дополнительные каталоги включения».Visual Studio отслеживает зависимости проекта, чтобы обеспечить минимальную перекомпиляцию, когда что-то изменилось (это не связано с IntelliSense).
Если вы это сделали, переместите буст-включения в путь включения VS - это то, к чему они относятсяи они никогда не будут проверяться VS, когда вы компилируете проект.Если вы этого не сделали, в настройках проекта может быть какая-то другая ссылка на дополнительные каталоги.