HSQLDB быстрее, поэтому лучше подходит для модульного тестирования.
База данных H2 еще лучше (на мой взгляд): она работает быстрее, чем HSQLDB, и поддерживает режимы совместимости для различных баз данных (MySQL, Oracle, ...). Так что если вам понадобится использовать специфические функции базы данных в будущем, есть вероятность, что вы все еще можете протестировать его с H2. Но мое мнение немного предвзято (см. Мой профиль).