Я столкнулся с той же ошибкой. Я использовал PDO, но это должно быть одно и то же.
Вы работаете за столом MyISAM? Если это так, то проблема, вероятно, связана с моделью блокировки, которую использует этот Engine: он блокирует всю таблицу, для чтения с общей блокировкой, для записи с эксклюзивной блокировкой.
Вот что я пытался сделать: прочитать большой набор результатов без буферизации и обновить некоторые строки в той же таблице. Поскольку вы не можете выполнить оператор для того же соединения, пока он содержит небуферизованный набор результатов, я попытался использовать другое соединение для обновлений. Чтение шло хорошо до первого обновления, после чего сценарий останавливался примерно на минуту, затем я получил ошибку «Пустое тело пакета строк».
Видите ли, при чтении без буферизации общая блокировка сохраняется до тех пор, пока не будет прочитан весь набор результатов или пока курсор не будет закрыт. В течение этого времени таблица блокируется разделяемой блокировкой, поэтому другие соединения могут получить разделяемые блокировки таблицы (другими словами, читать из нее), но эксклюзивные блокировки (для записи) придется подождать. Если это произойдет в одном и том же сценарии, он заблокируется.
Теперь, чтобы предотвратить бесконечную взаимоблокировку, MySQL через некоторое время принудительно снимет вашу общую блокировку (IIRC на это влияет значение table_lock_wait_timeout), выгрузив ваш набор результатов и позволив оператору write с ожидающей эксклюзивной блокировкой получить свою очередь .
Итак, хотя в моем случае это был тот же сценарий, который делал это и, следовательно, зависал до истечения времени ожидания, возможно, что какой-то другой сценарий пытается выполнить операцию записи в таблицу с тем же эффектом, что, вероятно, случилось в вашем случае.
Что решило проблему для меня, так это изменив тип таблицы на InnoDB, поскольку этот движок использует блокировки на уровне строк вместо блокировок на уровне таблиц. Однако, поскольку вы говорите, что база данных не ваша, это может оказаться невозможным для вас.