Большой вопрос: где вы вызываете NSAppleEventManager's -setEventHandler: ...? Вам нужно позвонить до того, как ваше приложение завершит запуск, если вы хотите поймать URL, который запустил ваше приложение. Если ваш делегат приложения создается в вашем MainMenu.nib, то будут работать его методы -init или -awakeFromNib, но, например, -applicationDidFinishLaunching: не будет.
Также убедитесь, что селектор, который вы предоставляете для -setEventHandler: точно такой же, как имя вашего метода, уделяя особое внимание использованию заглавных букв и правильному количеству двоеточий.
Очевидно, что если вы разместите соответствующий код делегата приложения, это будет весьма полезно.