Замена слов будет неэффективной. Лучше всего, вероятно, разбирать статью слово за словом и копировать каждое слово в новый StringBuffer; если это не стоп-слово, в этом случае вы копируете все, что хотите, вместо него. StringBuffer гораздо эффективнее, чем String.
Как вы храните стоп-слова, вероятно, неважно, если их всего тридцать или около того. Набор, вероятно, хорошая ставка.