Если у вас есть .NET 1.1 и .NET 2.0, ваши приложения 1.1 будут использовать среду выполнения 1.1.
Если у вас есть только .NET 3.5, ваши приложения 1.1 будут использовать среду выполнения 2.0.
Если вы оба .NET 1.1 и .NET 2.0 и у вас есть приложения 1.1 и 2.0, не проблема. Каждая программа получает собственный экземпляр правильного времени выполнения.
Если вы оба .NET 1.1 и .NET 2.0 и у вас есть программа, которая имеет плагины как 1.1, так и 2.0, вы облажались. С вероятностью 50-50 программа сначала загрузит среду выполнения 1.1, что приведет к сбою плагина 2.0. (Для одного приложения разрешена только одна среда выполнения.)