Модуль CKeditor дает вам гораздо более детальный контроль над тем, где появляются окна редактора, разрешения уровня роли пользователя и кнопки, доступные для каждого из них. API-интерфейс WSYIWYG позволяет просто включать / выключать конфигурацию окон редактора для текстовых полей по всему сайту. Профили кнопок основаны на типах ввода (отфильтрованный и полный HTML). Преимущества модуля API в том, что он не ограничен одним редактором (их 10 или около того) и действительно прост в настройке.
Модуль Ckeditor более сложен в настройке и, конечно, не для большинства реализаций, но очень приятно иметь этот модуль доступным, если вам требуется такой уровень контроля.