Вот два способа. Первый работал на меня. Из терминала (Просто не забудьте сделать резервную копию раньше.)
mysql --database=dbname -B -N -e "SHOW TABLES" | awk '{print "ALTER TABLE", $1, "CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;"}' | mysql --database=dbname &
Источник: Commandlineinfu.com
из MySQL
вам придется использовать команду Concat
SELECT CONCAT('ALTER TABLE `', tbl.`TABLE_SCHEMA`, '`.`', tbl.`TABLE_NAME`, '` CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;') FROM `information_schema`.`TABLES` tbl WHERE tbl.`TABLE_SCHEMA` = 'dbname'