Можно ли сгенерировать документацию из существующего java-кода, который не будет иметь специфичных для Doxygen комментариев и тегов. Пожалуйста, предложите.
Вы можете попробовать установить тег EXTRACT_ALL в файле конфигурации на YES.Из документов:
YES
EXTRACT_ALL Если для тега EXTRACT_ALL установлено значение YES, doxygen будет предполагать, что все объекты в документации задокументированы, даже если документация не была доступна,Закрытые члены класса и статические члены файла будут скрыты, если теги EXTRACT_PRIVATE и EXTRACT_STATIC не установлены в YES
EXTRACT_ALL
Если для тега EXTRACT_ALL установлено значение YES, doxygen будет предполагать, что все объекты в документации задокументированы, даже если документация не была доступна,Закрытые члены класса и статические члены файла будут скрыты, если теги EXTRACT_PRIVATE и EXTRACT_STATIC не установлены в YES