Я не уверен, что правильно читаю, но, кажется, вы хотите переписать путь в одном домене, чтобы он читался так, как если бы это был другой сайт? Представьте, сколько банков упало бы, если бы это было возможно. domain.com/fr и domain.fr - это два разных домена.
Вы можете установить ee на один сайт, а другие домены будут отражать основной сайт. Затем переключите язык в зависимости от домена. Я не думаю, что она тоже рассматривает это как два сайта, но вам нужно спросить их и конкретно упомянуть настройки вашего сервера. Я не знаю, как она работает, если есть одно ядро, которое используется многими сайтами. Но Code Igniter может с этим легко справиться, что я и делаю на своих сайтах на основе CI для поддоменов, которые сами по себе являются принципиально разными сайтами.