Сама программа FTP не может выполнить приложение, хотя вы можете попробовать проверить, действительно ли загружен файл, а затем использовать PHP для запуска нужного файла.
Я использовал его один раз для загрузки и компиляции ac #Программа.
Надеюсь, что это поможет, в противном случае объясните, пожалуйста.