Если вы включаете только Windows Обновления, он должен обновлять только Windows (и компоненты, связанные с Windows), в то время как Microsoft Обновления должны включать автоматические обновления для всего поддерживаемого программного обеспечения Microsoft (включая VS).
Однако даже только Центр обновления Windows должен применять обновления безопасности для .NET Framework и, возможно, для среды выполнения C ++, так что это может повлиять и на вас.
Тем не менее, если вы обновляете все свои машины вместе (возможно, с помощью WSUS , который позволяет утверждать / блокировать каждое отдельное обновление для распространения на машинах домена), вы не должны получать никаких расхождений между различные машины.
<ч />
Обратите внимание, что я не совсем уверен во всем этом (сейчас я не активно работаю над Windows), поэтому, если есть ошибки, просто сообщите мне в комментариях, я буду рад их исправить (или удалить ответ, если это окажется полной чушью :)
).