Если у них нет нужной вам среды выполнения, вам практически не повезло с решением .Net.С помощью установщика вы можете установить соответствующую среду выполнения, если ее там нет.
Действительно, если вы абсолютно обеспокоены тем, что люди загружают часть фреймворка, лучше всего не использовать его.Перед тем, как переписать приложение в нативный код, я бы действительно посмотрел на вашу аудиторию, чтобы увидеть, насколько вероятно, что у них его нет, и какова их скорость соединения.
Если вы не хотите писать в нативном коде, ваша другая ставка - использовать более низкую версию фреймворка.Проникновение на рынок будет намного больше для 1.1, чем скажем 4.0.