Makefile.in указывает, что система сборки, которую вы должны использовать, является автоинструментами GNU. Они предварительно обработают ваши файлы в make-файл (ы) формата GNU. Затем вы должны использовать GNU make с этими make-файлами.
nmake - это совершенно другой зверь, и он не будет совместим с этими файлами.
Я предлагаю вам выяснить, может ли ваш пакет быть собран с помощью инструментов Microsft (выискивая в его документации такие слова, как nmake или Visual Studio или Windows и т. Д. ). Другая ваша альтернатива - захватить порт Windows для Autotools. Сигвин хорош, но будь драконами для неосторожных.