Вы можете придерживаться стандартных руководств по hibernate, таких как документация, предоставленная на hibernate.org или в книге Gaven Kings, для использования hibernate в комбинации в проекте eclipse rcp.
Простейшим способом было бы включить ваш связанный с Hibernate код и вашу конфигурацию в плагин, который вы сейчас разрабатываете.
Поэтому ваш плагин должен зависеть от jar-файлов, от которых зависит каждый проект hibernate. Вы также можете предоставить эти библиотеки отдельным плагином и просто экспортировать их.
Но вы должны иметь в виду, что в спящем режиме интенсивно используются рефлексии, и ваши постоянные классы должны быть доступны для вашего менеджера персистентности.
Существует также очень хороший учебник по интеграции hibernate в виде отдельного плагина на http://entwickler.de/zonen/portale/psecom,id,101,online,1082,.html, но, к сожалению, это только на немецком языке.