В настоящее время сортировать их по месту нечего.
Если вам действительно нужно, можно было бы преобразовать IndexedSeq в Array[AnyRef] и использовать Arrays.sort из Java (вы должны привести к Array[AnyRef], потому что массивы Scala не ковариантны, как Java).
Интересно, что несколько недель назад была дискуссия о добавлении версий операций на месте, таких как map, filter и sort, в изменчивые коллекции Scala.
Я надеюсь, что после выпуска параллельных коллекций 2.9 это может стать следующим рабочим элементом в списке для дальнейшего улучшения коллекции Scala.
Не повредит, если люди поднимет свой голос в поддержку этого (или предоставят рабочую реализацию): -).