Если вам нужно сделать это программно, вам нужен анализатор файлов wav. Общий алгоритм будет
A) open the file
b) find the fmt chunk
c) parse to calculate X = bytes per sample * samples per second.
d) find the data chunk
e) remove the first X bytes
f) adjust the size of the data chunk
g) adjust the size of the initial RIFF chunk.
h) write the new file.