Я прочитал то, что вы написали ... но я думаю, что это может быть проблема с разрешениями.
Я также использую NetBeans, и когда я удаляю файл из окна проекта, он сначала удаляется локально, а затем синхронизируется с моим сервером.
Я вхожу через sftp (используя vsftp) от имени пользователя root, что плохо, но вы можете попробовать это тоже, чтобы убедиться, что это проблема с разрешениями.