Вы можете использовать все три из них в одном проекте.Даже в том же объекте.Фактически, многие примеры проектов, которые вы можете найти на странице unity3d, используют смесь JS и C #.
Так что технически ничто не мешает вам использовать разные языки в одном проекте или даже объектах, однако вы все равно должны рассмотреть возможность использованияодин язык по умолчанию, потому что если у вас есть несколько разных языков, разработчику C # будет сложнее изменять код, созданный в Boo (Python-подобный), при необходимости, и всегда будет требовать, чтобы он попросил оригинального сценариста внести изменения.