Я бы прочитал каждый файл XML (будь то 2, 3, ..., N файлов) на карту. Каждый раз, когда я читаю новую запись, я проверяю, находится ли она на карте, если она есть, делаю определенное определение, какую именно запись вы хотите (или объединить, возможно, объединить).
Затем, когда вы закончите анализ каждого XML-файла, выведите карту в «объединенный» xml-файл.
Эти парсеры XML могут помочь.
http://www.grinninglizard.com/tinyxml/
http://www.xmlsoft.org/