Вы можете легко проверить, действительно ли короткие теги работают из командной строки.
$ php
<? phpinfo(); ?>
^D
Мой PHP, предоставленный Apple, соответствует настройке short_open_tag = On в файле /etc/php.ini. Проблемы с вашей базой данных не связаны с этим, поскольку они сохраняются даже при использовании командной строки MySQL.