У меня была похожая проблема, ответ Ахима поставил меня на правильный путь, для других читателей
Создайте файл наподобие example.nunit, например:
<NUnitProject>
<Settings activeconfig="local"/>
<Config name="local" configfile="App.config">
<assembly path="bin\Debug\example.dll"/>
</Config>
<Config name="dev" configfile="App.Dev.config">
<assembly path="bin\Debug\\example.dll"/>
</Config>
<Config name="test" configfile="App.Test.config">
<assembly path="bin\Debug\\example.dll"/>
</Config>
</NUnitProject>
Все файлы / пути (файлов конфигурации и сборки) относятся к расположению файла nunit.Кроме того, App.config, App.Dev.config и т. Д. Являются просто файлами конфигурации .net.
Затем, когда вы захотите запустить его для определенной конфигурации, вы выполните ее так:
nunit3-console.exe example.nunit /config:test
Подробнее о формате файла nunit https://github.com/nunit/docs/wiki/NUnit-Project-XML-Format
Подробнее о аргументах командной строки http://www.nunit.org/index.php?p=consoleCommandLine&r=2.2.5